De acordo com os Estatutos do ISEC, o único órgão dos departamentos é o presidente. Este é eleito por todos os docentes, trabalhadores técnicos superiores e assistentes técnicos do departamento. Ao presidente compete nomear um vice-presidente.

Maria do Céu Moncada Pacheco de Amorim Faulhaber (Presidente do DFM)

Paulo Alexandre Mendes Martins Rosa (Vice-presidente do DFM)

O DFM agrupa recursos humanos e materiais directamente envolvidos nas actividades das seguintes áreas científicas:

Área científica de Física
Área científica de Matemática
Área científica de Engenharia Biomédica

De acordo com os Estatutos do ISEC, o único orgão das áreas científicas é a comissão científica, composta por todos os docentes da área científica elegivéis para o conselho técnico-científico do ISEC (CTC).

Representante no CTC da Comissão Científica da Área Científica de Física (CCACF)

Milton Augusto Morais Sarmento Pato de Macedo (Presidente da CCACF)

Representantes no CTC da Comissão Científica da Área Científica de Matemática (CCACM)

Maria Filomena Palmeira de Araújo Canova (Presidente da CCACM)
João António Ribeiro Cardoso